A Közép-európai Egyetem az alábbi két területen kínál doktori/PhD képzést hallgatói számára:

Közgazdaságtudományi Doktori Iskola

További információ: econbusi@ceu.edu
Honlap: http://economics-phd.ceu.edu

Történettudományi Doktori Iskola

A doktori iskolát a Történelem és a Középkori tanulmányok tanszék működteti. Kétféle szakirányt kínálnak:

  • Középkortudományi program
  • Összehasonlító történettudományi program

További információ: medstud@ceu.edu , history@ceu.edu 
Honlap: http://dsh.ceu.edu